תכנון מכוני הטיפול בשפכים כולל מספר שלבים. השלב הראשון - בחינת נתוני התוכן של השפכים המתוכננים להגיע למט"ש. לאחר איסוף ועיבוד נתוני השפכים מתבצע ניתוח חלופות לטיפול בשפכים. ניתוח החלופות בוחן את מרכיבי עלות הקמת המתקנים, עלות הטיפול והאיכויות הצפויות בסיום התהליך. דרישות התכנון התייחסו למספר מרכבים: המרכיב הראשון היה כמות השפכים היומית הממוצעת ויכולת המערכת להתמודד עם מצבי קיצון של ימי גשם בהם כמות השפכים היומית גבוהה עד פי שלוש מהכמות היומית הממוצעת. המרכיב השני הוא היכולת הביולוגית של מערכת המט"ש לטפל בשפכים עד לרמת האיכות הנדרשת במוצא המט"ש. התייחסות נוספת נדרשת לאמצעי הסינון והחיטוי הנדרשים במסגרת הטיפול בשפכים. שקלול כל הנתונים הנ"ל תוך בחינה כלכלית של הקמה והתפעול השוטף של המכון לטיפול בשפכים.
מט"ש מיצר ודינור הם מטשי"ם ייחודיים מבחינת הרכב השפכים במט"ש מיצר תוכנן המט"ש ל6000 תושבים ו6000 חולבות. יחס של אחד לאחד בין חולבת לתושבים הטכנולוגיות החדשניות ששולבו במטשי"ם, טרם נוסו בישראל ע"מ לטפל בשפכים המורכבים מצד אחד ולעמוד בערכי מוצא המט"ש להשקיה בלתי מוגבלת.
במט"ש מיצר, נבחרה חלופת בוצה משופעלת אשר שילבה מצע מקובע. מדובר בטכנולוגיה המשלבת נשאים מפלסטיק בתוך הריאקטורים הביולוגיים במט"ש. בשיטה זו ניתן לצמצם את נפח הריאקטורים ולשלוט באופן טוב יותר על אוכלוסיית הביומסה במט"ש. כמו כן מסייעת טכנולוגית המצע המקובע בהרחקת חנקן המצוי בערכים גבוהים בשפכי רפתות. עלות מט"ש מיצר הגיעה לסך של עשרים וחמישה מיליון ₪.