מנכ"ל המועצה ממונה על מימוש מדיניות המועצה והעומד בראשה, בהתאם לכללי המינהל והאתיקה הציבוריים. המנכ"ל אחראי על תכלול פעילות אגפי המועצה השונים, תוך תיאום וסינכרון בין גורמי פנים וחוץ, הקמה ארגון והפעלה של המשאבים המינהליים, היחידות, אנשי המטה והנהלים של הרשות.
כמו כן, אחראי על הפיתוח האסטרטגי של המערכת המועצתית, ניהול ופיתוח ההון האנושי ופיתוח השירות לתושבים. לשכת מנכ"ל המועצה מוציאה לפועל את ישיבות המועצה, מכרזי המועצה וועדות המועצה ומבצעת מעקב אחר ביצוע החלטות. בלשכה אחריות על ארכיב הרשות, הפעילות של הוועדים המקומיים וחופש המידע.